器差確認は、申請組織の測色器と事務局の測色器との間で著しく差がないことを確認する目的で実施します。
同じカラーパッチを両者の測色器で測色することにより、両者の色差が判断できます。
申請組織は事務局より送付された測色器・器差確認用パッチ（CMYKベタ部）を自社の測色器で測定し、その結果を記入した「測色器・器差確認用シート」を事務局へEメールにて送付します。

器差確認の結果がΔE≦1.5の場合は、申請組織は審査申込みを行うことができます。しかしこの条件を満たさない場合は、申請組織は問題を解決し再度器差確認を行う必要があります。申請組織は、器差確認の結果がΔE≦1.5となるまで審査申込みを行うことはできません。

Japan Color認証制度では、L*a*b*値を測定し基準値に対する色差ΔE等で審査・判定をしますので、器差確認は重要なプロセスと位置付けています。